Zymo Research veröffentlicht Open-Source-Bioinformatik-Pipeline für die Erkennung von SARS-CoV-2-Varianten in Abwässern

Frühzeitige Freigabe der VirSieve Bioinformatik-Pipeline wird die Zusammenarbeit in der SARS-CoV-2-Umweltforschung fördern

IRVINE, Kalifornien, 12. Mai 2021 /PRNewswire/ -- Zymo Research hat den VirSieve Bioinformatik-PipelineQuellcode für die Umweltmikrobiologie-Community freigegeben, um die globale Zusammenarbeit und Unterstützung für den Nachweis von SARS-CoV-2-Varianten im Abwasser zu fördern. VirSieve ist eine automatisierte Rechenpipeline, die Sequenzierungs-Reads des SARS-CoV-2-Virus in Abwasserproben analysiert, um die in überwachten Gemeinschaften vorhandenen viralen Varianten besser zu verstehen. Durch die Bewertung des Konfidenzintervalls bei beobachteten viralen Mutationen hat die Software das Potenzial, die Genauigkeit der Analyse von Veränderungen im viralen Erbgut deutlich zu erhöhen.

Laut den Centers for Disease Control and Prevention hat der Einsatz von Impfstoffen zwar einen enormen positiven Einfluss auf die Eindämmung der SARS-CoV-2-Pandemie in den USA gehabt, aber es tauchen immer noch neue Virusstämme auf. Einige dieser Stämme, z. B. B.1.1.7, werden als „besorgniserregende Varianten" eingestuft, da es Hinweise auf eine erhöhte Verbreitung, Pathogenität oder Impfstoffumgehung gibt. Die Next-Gen-Sequenzierung von Abwässern entwickelt sich zur praktikabelsten Lösung für die Echtzeitüberwachung von Gemeinden.

Die Sequenzierung von Viren aus Abwasser ist aufgrund der Fragmentierung und des Abbaus der viralen RNA schwierig, was oft zu Sequenzierungsfehlern führt, die sich letztendlich als falsche Mutationen manifestieren. VirSieve kann diese falschen Varianten identifizieren und sie als wenig oder gar nicht vertrauenswürdig markieren, so dass Forscher Mutationen mit einem höheren Grad an Unterstützung herausfiltern können. Zymo Research bietet auch DNA/RNA Shield an, ein Reagenz, das virale RNA nach der Inaktivierung eines jeden Virus vor weiterem Abbau schützt, um eine sichere Sammlung und einen sicheren Transport von Abwasserproben bei Raumtemperatur zu gewährleisten.

„Zymo Research hat bereits früher öffentliche Software-Tools wie das Zymo Research Transmit Program entwickelt, einen Open-Source-Client für die Übermittlung von COVID-19-Testergebnissen über das CalREDIE-Meldesystem für das öffentliche Gesundheitswesen", sagte Dr. Michael Weinstein, Direktor für Laborinformationssysteme und Projektleiter des VirSieve Pipeline-Projekts bei Zymo Research. „VirSieve ist Teil der laufenden Bemühungen von Zymo Research, die Pandemiebekämpfung rund um den Globus maximal zu unterstützen. Wir sind der Meinung, dass VirSieve das Potenzial hat, nicht nur zum Aufspüren von Varianten des SARS-CoV-2-Virus im Abwasser, sondern auch von anderen Viren eingesetzt zu werden, um die öffentliche Gesundheit in Zukunft zu schützen."